Como abrir empresa médica: guia completo tributário, jurídico e prático

Abrir uma empresa médica deixou de ser apenas uma formalidade burocrática e passou a ser uma decisão estratégica de carreira. A forma como o médico, a clínica ou o centro de diagnóstico se estruturam impacta diretamente a carga tributária, os riscos jurídicos, a relação com planos de saúde e até a valorização do negócio no longo prazo. Em vez de pagar até 27,5% de imposto de renda como pessoa física, é comum que médicos organizados como pessoa jurídica consigam operar com cargas em torno de 6% a 20%, dependendo do regime tributário, do faturamento e da folha de pagamento.

Este guia foi pensado para quem quer uma visão completa: médicos recém-formados, gestores de clínicas, empreendedores da saúde e consultórios já em operação que desejam formalizar ou reestruturar a empresa médica com segurança.

O que é, na prática, uma “empresa médica”?

Empresa médica é toda pessoa jurídica que presta serviços na área de saúde, seja em nome de um único médico (consultório individual), seja como clínica multiprofissional, centro de diagnósticos, hospital-dia ou hospital geral. Em todos os casos, há uma combinação de três dimensões:

• Dimensão societária: tipo de empresa (SLU, LTDA, sociedade simples, etc.).

• Dimensão regulatória: relação com CRM, Vigilância Sanitária, CNES, Corpo de Bombeiros, prefeituras.

• Dimensão tributária: escolha entre Simples Nacional, Lucro Presumido (e, em poucos casos, Lucro Real).

Legalmente, empresas que prestam ou intermediam serviços médicos devem manter registro no Conselho Regional de Medicina da sua jurisdição, com indicação de diretor técnico e demais exigências previstas na legislação específica. Em muitos casos, também é obrigatório o cadastro no CNES (Cadastro Nacional de Estabelecimentos de Saúde) e licenças sanitárias locais.

Em resumo: não se trata apenas de “ter um CNPJ”, mas de montar uma estrutura empresarial regulada, com responsabilidades técnicas claras e rastreáveis.

Médico pode ser MEI? Resposta direta

Não, médico não pode ser MEI.

Profissões regulamentadas, que exigem formação superior e registro em conselho de classe – como medicina, odontologia, psicologia e advocacia – estão fora da lista de atividades permitidas para o Microempreendedor Individual, segundo as regras atuais do MEI e da Resolução CGSN n.º 140/2018.

Fato (base normativa e prática):

• Atividades médicas não aparecem na tabela de ocupações permitidas ao MEI.

• Profissionais da saúde, regulamentados por conselhos de classe, são expressamente citados entre os que não podem ser MEI.

• O próprio teto do MEI (R$ 81.000/ano) é incompatível com a realidade da maioria dos médicos.

Minha análise: insistir em “forçar” um enquadramento como MEI para atividade médica é convite a autuações, desenquadramento, cobranças retroativas e até questionamentos éticos perante o CRM. É um atalho que custa caro. O caminho profissional e seguro passa por uma PJ estruturada.

Formatos jurídicos mais usados para empresa médica

Profissional autônomo x pessoa jurídica

O médico pode atuar como autônomo (pessoa física) ou como pessoa jurídica (PJ). Como autônomo, ele recolhe ISS, INSS e imposto de renda pela tabela progressiva, chegando facilmente à alíquota máxima de 27,5%.

Minha avaliação: atuar exclusivamente como autônomo pode fazer sentido no início da carreira ou para baixa escala de atendimentos, mas tende a ser financeiramente ineficiente à medida que o faturamento cresce. Em geral, o modelo mais vantajoso é abrir uma PJ e tributar via Simples Nacional ou Lucro Presumido, desde que haja planejamento tributário sério.

Sociedade Limitada Unipessoal (SLU)

A SLU é, hoje, o formato mais flexível para um médico que quer abrir empresa sozinho:

• Não exige sócios.

• Limita a responsabilidade ao capital social (com exceções legais específicas).

• Permite opção pelo Simples Nacional, se cumpridos os requisitos de receita e CNAE.

Na prática, a SLU combina proteção patrimonial com boa aceitação bancária, contratual e perante planos de saúde.

Sociedade Limitada (LTDA) entre médicos

Indicada para clínicas com dois ou mais sócios:

• Permite divisão de investimento, riscos e responsabilidades.

• Facilita a criação de regras internas (entrada/saída de sócios, distribuição de lucros, gestão da marca).

• Pode ser sociedade empresária (Junta Comercial) ou, em alguns cenários, faculdade para sociedade simples registrada em cartório, dependendo da natureza da atividade e da orientação jurídica.

Minha recomendação: em sociedades médicas, contrato social mal redigido é fonte de litígio. É essencial tratar, desde o início, de temas “desconfortáveis”: saída de sócios, não concorrência, morte ou incapacidade, metas mínimas de produtividade e política de retirada de lucros.

Escolha do CNAE e do objeto social: ponto crítico

Escolher o CNAE “qualquer um de saúde” é um erro comum. O CNAE define:

• Tributação (inclusive possibilidade de equiparação hospitalar no Lucro Presumido).

• Elegibilidade ao Simples Nacional.

• Obrigações sanitárias e de registro.

Exemplos:

• 86.10-1/01 e 86.10-1/02 – atividades de atendimento hospitalar, geral ou em pronto-socorro.

• Algumas dessas atividades não podem ser MEI e são tipicamente enquadradas em Simples Anexo III ou V, quando permitidas.

Minha análise: a escolha equivocada de CNAE pode impedir acesso ao Simples, tirar a empresa de benefícios como equiparação hospitalar no Lucro Presumido ou, pior, enquadrar a empresa como de “serviços gerais” sem qualquer vantagem específica. Em empresa médica, CNAE é decisão tributária, não mera formalidade.

Passo a passo para abrir empresa médica

1. Planejamento estratégico e tributário

Antes de qualquer protocolo, é indispensável responder:

• Qual será o modelo: consultório individual, clínica multiprofissional, centro de diagnóstico, hospital-dia?

• Haverá sócios? Todos serão médicos?

• Qual previsão de faturamento para os próximos 12 meses?

• Qual estrutura de custos (folha de pagamento, pró-labore, aluguel, equipamentos)?

Fato: o enquadramento tributário (Simples Anexo III ou V, Lucro Presumido, equiparação hospitalar) depende fortemente do faturamento e da composição da folha.

Minha recomendação: planejar antes de abrir evita ter que “virar a chave” de regime tributário no meio do caminho, com impacto de caixa imediato.

2. Definição do tipo societário e elaboração do contrato social

Com o modelo desenhado, define-se:

• SLU (para médico sozinho).

• LTDA (para sociedade entre médicos e/ou outros profissionais).

• Eventual sociedade simples, quando cabível.

Em seguida, elabora-se o contrato social (ou ato constitutivo), definindo:

• Objeto social detalhado (tipos de serviços médicos, exames, telemedicina, etc.).

• Capital social.

• Regras de administração e poderes de assinatura.

• Indicação (ou previsão) do diretor técnico médico.

Esse documento será registrado na Junta Comercial do estado ou em cartório de Registro Civil de Pessoas Jurídicas, conforme o tipo societário escolhido.

3. Registro na Junta Comercial / Cartório e obtenção do CNPJ

Com o contrato pronto:

• Protocola-se o ato constitutivo na Junta Comercial (sociedades empresárias) ou em cartório (sociedades simples).

• Após o deferimento, solicita-se o CNPJ à Receita Federal, normalmente por meio do DBE (Documento Básico de Entrada).

Sem o CNPJ, não há emissão de nota fiscal nem contratação formal com hospitais e operadoras de saúde.

4. Inscrição municipal e (se aplicável) inscrição estadual

Por serem prestadoras de serviços, empresas médicas precisam de inscrição municipal para recolher ISS e emitir NFS-e.
Em alguns casos específicos, como hospitais que também comercializam medicamentos, pode haver necessidade de inscrição estadual para fins de ICMS – tema que deve ser analisado caso a caso.

5. Alvará de funcionamento e Corpo de Bombeiros

Com CNPJ e inscrição municipal, solicita-se o alvará de funcionamento junto à prefeitura. Nessa etapa, normalmente são exigidos:

• Contrato de locação ou documento de propriedade.

• IPTU do imóvel.

• Laudos de segurança e acessibilidade.

• Vistoria e/ou Auto de Vistoria do Corpo de Bombeiros (AVCB).

Sem alvará, a empresa opera em situação irregular e sujeita a interdições e multas.

6. Licença da Vigilância Sanitária

Todo estabelecimento que presta serviços de saúde precisa de licença sanitária emitida pela Vigilância local. Em geral, são exigidos:

• Projeto arquitetônico adequado às normas de biossegurança.

• Relação de procedimentos a serem realizados.

• Documentos da empresa, do responsável técnico e CROQUI de localização.

Minha avaliação: entre todas as etapas, a vigilância sanitária costuma ser a mais delicada, pois qualquer inadequação estrutural pode exigir reformas físicas. É prudente envolver um arquiteto ou engenheiro com experiência em projetos de saúde.

7. Cadastro no CNES (quando aplicável)

Para clínicas e consultórios que atendem SUS ou desejam se credenciar junto a planos de saúde, o Cadastro Nacional de Estabelecimentos de Saúde (CNES) é obrigatório. O processo envolve:

• Preenchimento de formulários específicos.

• Entrega de documentação e licenças à vigilância sanitária local.

8. Registro da pessoa jurídica no CRM

Por fim, a empresa precisa se registrar como pessoa jurídica no Conselho Regional de Medicina da sua região (CRM-PJ), com indicação de um diretor técnico médico.

Sem esse registro, a empresa médica estará irregular perante o órgão de classe, com risco de sanções éticas e administrativas.

Regimes tributários para empresa médica: visão comparativa

Simples Nacional para médicos, clínicas e consultórios

Muitas empresas médicas optam pelo Simples Nacional, quando atendem aos requisitos de receita (até R$ 4,8 milhões/ano) e CNAE. Os serviços médicos, odontológicos e de psicologia costumam cair nos Anexos III ou V, dependendo do Fator R.

O Fator R é calculado assim:

Fator R = (folha de salários + encargos + pró-labore dos sócios nos últimos 12 meses) ÷ receita bruta dos últimos 12 meses.

• Se o Fator R ≥ 28% → empresa pode ser tributada pelo Anexo III (alíquotas menores).

• Se o Fator R < 28% → empresa permanece no Anexo V (alíquotas mais altas).

Tabela resumida – Anexo III x Anexo V (2025)

Alíquotas nominais por faixa de receita bruta em 12 meses:

Obs.: a alíquota efetiva é calculada considerando um valor a deduzir em cada faixa; esta tabela apresenta as alíquotas nominais de referência.

Minha interpretação: para empresas médicas com folha enxuta, o Anexo V pode tornar o Simples Nacional pouco competitivo em comparação ao Lucro Presumido. Já para clínicas com equipe robusta (enfermagem, recepção, administrativos) e pró-labore adequado, bater o Fator R e migrar para o Anexo III costuma gerar economia tributária significativa.

Lucro Presumido para médicos e clínicas

No Lucro Presumido, a base de cálculo de IRPJ e CSLL para serviços médicos costuma ser de 32% da receita bruta (salvo casos de equiparação hospitalar, que podem reduzir essa base). Sobre essa base incidem:

• IRPJ: 15% + adicional de 10% acima de certos limites.

• CSLL: 9%.

• PIS/COFINS: 3,65% sobre o faturamento.

• ISS: em média entre 2% e 5%, a depender do município.

Na prática, a carga total para clínicas médicas no Lucro Presumido costuma ficar em torno de 16% a 20% sobre o faturamento bruto, dependendo da cidade, do tipo de serviço e da possibilidade (ou não) de equiparação hospitalar.

Minha análise: o Lucro Presumido tende a ser interessante para clínicas com faturamento mais alto, boa margem de lucro e dificuldade em atingir o Fator R de 28% no Simples. Mas exige disciplina contábil e fluxo de caixa para recolhimentos trimestrais.

E a Reforma Tributária?

Diversas análises recentes mostram que médicos e clínicas hoje concentram-se em PJ pelo Lucro Presumido ou Simples, com carga típica entre 16% e 20%. Com a implantação gradual da Reforma Tributária (IBS/CBS), haverá reconfiguração de tributos sobre consumo, mas, até a plena vigência, continuam valendo as regras atuais. Decisões de abertura de empresa hoje devem considerar o cenário vigente, com monitoramento próximo das mudanças que virão.

Exemplo prático de decisão: três cenários

Considere um faturamento anual estimado de R$ 720.000,00 (R$ 60.000,00/mês) em uma clínica médica:

Este quadro não substitui cálculo detalhado, mas mostra o ponto central: a estrutura de folha muda completamente o melhor regime.

Erros comuns ao abrir empresa médica

1. Tentar enquadrar médico como MEI
   Além de proibido, gera risco de autuações, necessidade de pagar tributos retroativos e problemas com o CRM.

2. Escolher CNAE genérico ou inadequado
   Isso pode impedir benefícios fiscais, criar obrigações desnecessárias ou até inviabilizar a opção pelo Simples.

3. Pró-labore simbólico para “economizar INSS”
   No curto prazo, parece vantajoso; no longo, prejudica Fator R, aumenta carga no Anexo V e fragiliza a proteção previdenciária do médico.

4. Ignorar Vigilância Sanitária e CNES na fase de projeto
   Reformas físicas e atrasos de licença podem travar o início das operações, gerar multas e impedir credenciamento com planos de saúde.

5. Não registrar a PJ no CRM
   Ainda que haja CNPJ e alvará, a empresa pode ser considerada irregular pelo órgão de classe, sujeita a sanções.

6. Falta de contratos bem feitos com hospitais, planos e outros médicos
   Em ambiente médico, risco jurídico não é teórico: envolve vida, sigilo, responsabilidade técnica e valores financeiros relevantes.

Boas práticas para gestão de uma empresa médica

• Tratar a clínica como empresa, não como “extensão do consultório”
  Fluxo de caixa, DRE, indicadores por procedimento, taxa de não comparecimento, ticket médio e ocupação de agenda devem ser acompanhados.

• Alinhar governança clínica e tributária
  Políticas de prontuário, consentimento informado, protocolos assistenciais e compliance caminham junto com saúde financeira.

• Usar tecnologia de gestão
  Sistemas de prontuário eletrônico integrados à contabilidade, emissão automática de NFS-e, dashboards de faturamento e indicadores assistenciais.

• Revisar o regime tributário periodicamente
  O que é vantajoso em uma fase pode deixar de ser em outra, à medida que a empresa cresce, contrata mais funcionários ou muda o mix de serviços.

• Trabalhar sempre com contabilidade especializada em saúde
  Profissionais que acompanham legislações específicas de clínicas, hospitais e consultórios identificam oportunidades legais que contadores generalistas muitas vezes não enxergam.

Conclusão: como abrir empresa médica com segurança

Abrir uma empresa médica não é apenas “tirar um CNPJ”. É uma decisão que atravessa:

• a carreira do médico,

• a segurança jurídica da clínica,

• a carga tributária total,

• e a sustentabilidade do negócio no longo prazo.

Fato: a legislação atual exige CNPJ, inscrição municipal, alvará, licença sanitária, CNES (quando aplicável) e registro da pessoa jurídica no CRM.

Minha síntese: quem antecipa planejamento societário e tributário, escolhe bem o CNAE, organiza a documentação regulatória e acompanha de perto a evolução da lei (incluindo Reforma Tributária) transforma a empresa médica em um ativo valioso, e não em uma fonte permanente de riscos e surpresas fiscais.

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